Với khí hậu cận cực khắc nghiệt (phân loại khí hậu Köppen: Dfd), Yakutsk có nhiệt độ mùa đông lạnh nhất trong bất kỳ thành phố lớn nào trên Trái đất. Nhiệt độ trung bình hàng tháng ở Yakutsk dao động từ +19,5 ° C (67,1 ° F) vào tháng 7 đến −38,6 ° C (−37,5 ° F) vào tháng 1 và chỉ Norilsk có nhiệt độ trung bình hàng năm thấp hơn tất cả khu định cư nào nhiều hơn 100.000 người. Yakutsk là thành phố lớn nhất được xây dựng trên tầng đất đóng băng vĩnh cửu liên tục, và nhiều ngôi nhà ở đó được xây dựng trên các cọc bê tông.

Nhiệt độ thấp nhất từng được ghi nhận trên hành tinh ngoại trừ Nam Cực xảy ra ở lưu vực sông Yana ở phía đông bắc Yakutsk, khiến nó trở thành thành phố lớn lạnh nhất thế giới. Mặc dù mùa đông rất lạnh và kéo dài - Yakutsk chưa bao giờ ghi nhận nhiệt độ trên mức đóng băng trong khoảng thời gian từ 10 tháng 11 đến 14 tháng 3 - mùa hè ở đây khá ấm áp (mặc dù khá ngắn), với nhiệt độ tối đa hàng ngày đôi khi vượt quá +30 ° C (86 ° F) khiến sự chênh lệch nhiệt độ theo mùa ở thành phố này trở nên lớn nhất thế giới khi chạm mức 105 ° C (189 ° F). Nhiệt độ thấp nhất được ghi nhận ở Yakutsk là −64,4 ° C (−83,9 ° F) vào ngày 5 tháng 2 năm 1891 và nhiệt độ cao nhất +38,4 ° C (101,1 ° F) vào ngày 17 tháng 7 năm 2011 và +38,3 ° C (100,9 ° F) vào ngày 15 tháng 7 năm 1943. Tháng nóng nhất trong các hồ sơ bắt đầu từ năm 1834 là tháng 7 năm 1894, với trung bình là +23,2 ° C (73,8 ° F), và lạnh nhất, tháng 1 năm 1900, trung bình -51,2 ° C (−60,2 ° F).

Yakutsk có một vị trí nội địa khác biệt, cách Thái Bình Dương gần 1.000 km (620 dặm), cùng với vĩ độ cao khiến thành phố dễ tiếp xúc với mùa đông khắc nghiệt và cũng không điều tiết nhiệt độ. Nhiệt độ tháng 7 có thể tăng vọt lên mức trung bình bình thường, với nhiệt độ trung bình nóng hơn vài độ so với các thành phố Viễn Đông Nga xa hơn về phía nam như Vladivostok hoặc Yuzhno-Sakhalinsk. Nhiệt độ ban ngày tháng bảy thậm chí còn nóng hơn một số khu vực cận nhiệt đới biển. Mùa hè ấm áp đảm bảo rằng Yakutsk, mặc dù mùa đông lạnh giá, nằm ở phía nam của đường giới hạn cây gỗ.

Khí hậu khá khô, với hầu hết lượng mưa hàng năm xảy ra vào những tháng ấm nhất, do vùng áp cao Siberia hoạt động dữ dội hình thành xung quanh không khí lục địa rất lạnh trong mùa đông. Tuy nhiên, lượng mưa mùa hè không quá lớn vì gió đông nam ẩm từ Thái Bình Dương mất độ ẩm trên các ngọn núi ven biển trước khi đến thung lũng Lena.

Với dòng sông Lena có thể điều hướng vào mùa hè, có nhiều tàu thuyền khác nhau được cung cấp, bao gồm ngược dòng đến công viên cột thiên nhiên Lena, và các tour du lịch xuôi dòng tham quan cảnh quan ngoạn mục ở vùng hạ lưu và đồng bằng Lena.